Mandado construir por el Primer Marqués de Villena, don Juan Pacheco, en 1456, no tuvo vida conventual hasta 1463 en que se instala en sus estancias la congregación de San Francisco, permaneciendo en él hasta 1919. Así pues, el Monasterio de San Francisco inicia su construcción el mismo año en que lo hace La Colegiata. El nombre que se le dio al principio fue el de La Pasión de Nuestro Señor Jesucristo, si bien ordinariamente se le conocía como el de San Francisco.

El 11 de octubre de 1923 los frailes Trinitarios se instalaron en el Convento, dándole posesión en su diócesis de Cuenca el obispo mártir Cruz Laplana y Laguna. Desde ese día los frailes Trinitarios establecieron Colegio y Noviciado en su Convento de Belmonte, además de Centro Educativo de Enseñanza Primaria de niños. La comunidad trinitaria abandonó definitivamente su estancia en el Convento de Belmonte el día 30 de diciembre de 1973, después de medio siglo de fructífera labor monacal, docente y cristiana.